Har du en automatiserad underhållsplan för att uppdatera statistik, bygga om index etc.? Om inte, kanske SQL Server fortfarande bygger sina frågeplaner på din äldre statistik för mindre tabeller.
SQL Server genererar parallella frågeplaner automatiskt, om vissa villkor är uppfyllda. Från en artikel om MSDN :
Andra faktorer:
Är SQL Server konfigurerad för att ha affinitet till en enda processor?
Är alternativet för maximal grad av parallellism satt till 1?
-- REDIGERA --
Har du testat att profilera den här processen? Det skulle vara intressant att se frågeplanen som SQL Server genererar.
Har du exempelkod du kan posta?
Om du har ett automatiskt säkerhetskopieringsjobb varje natt, kan du helt enkelt återställa säkerhetskopian till arkivet?