Om du kommer att läsa artikeln här:https://dba.stackexchange.com/questions/692/sql-server-2008-cross-database-performance-on-same-physical-machine-and-server du kommer att inse att du inte kommer att få prestationsstraff eftersom frågeoptimeraren bara kommer att vara en. Skillnaden kommer endast att vara om du kommer att använda frågor över flera instanser. I det här fallet kommer frågan att analyseras av separata frågeanalysatorer på båda instanserna.
Möjliga problem som kan vara i ditt fall är relaterade till hantering. Läs hur du hanterar ägande av flera databaser här:http://msdn.microsoft.com/en-us/library/ms188676.aspx