Jag hittade den till slut.
Tydligen fanns det några inkompatibilitetsproblem efter uppgraderingen till MySQL 5.6.
För att leta efter sådana problem och åtgärda dem måste du göra en MySQL-uppgradering.
Kör bara följande på en terminal:
mysql_upgrade -u root -p
Ange ditt lösenord och vänta tills uppgraderingen är klar.
Detta löste problemet för mig.