Bara en notis om någon har liknande problem:
Jag hade ett liknande problem --- Infoga fråga som fungerar på PHPMyAdmin men fungerar inte på PHP och gav inga fel (resultatet var sant hela tiden).
Anledningen är att jag startade en transaktion men glömde att genomföra den...
$mysqli->autocommit(FALSE);
$mysqli->query( "START TRANSACTION" );
Glöm aldrig detta:
$mysqli->commit();
Det är ett dumt fel, jag vet, men jag var så fokuserad på frågemyntan att jag glömde transaktionsutdragen några rader ovan.