Hittade precis svaret i den här tråden:PHPMyAdmin - Totalt antal rekord varierar
Att lägga till en konfigurationsparameter i config.inc.php verkar göra susen:http://www.kavoir.com/2012/07/make-phpmyadmin-show-exact-number-of-records-for-innodb-tables.html
Lägg bara till den här raden i config.inc.php:
$cfg['MaxExactCount'] = 2000000;
Så att alla InnoDB-tabeller med mindre än 2000000 rader kommer att ha ett exakt antal rader som visas.
Gör detta antal tillräckligt stort så kommer alla InnoDB-tabeller i din databas att ha ett exakt antal rader på phpMyAdmins databassida.