Jag skulle förklara så att du kan se vad mysql gör. Detta skulle ge en bra indikation på hur många rader som används.
EXPLAIN SELECT * FROM likes LEFT OUTER JOIN uploads on likes.upload_id = uploads.upload_id WHERE uploads.upload_id IS NULL
du kan också använda en annan webbläsare eller en annan session för att använda show processlist för att se hur frågan exekveras.