Jag har nyligen stött på det här problemet på Mac OS Sierra också. Apache-servern fungerar men mysql gör det inte. Efter att ha letat efter en lösning och läst massor av inlägg hittade jag den här lösningen. Och det fungerade!
Lösningen är att navigera till mysql-mappen, i mitt fall är det,
/Applications/MAMP/db/mysql56/
och ta bort alla filer utom mappar. Starta sedan om MAMP igen.