EDIT:Med alla nya uppgifter förstår jag tydligt vad du försöker uppnå.
Så jag redigerade bort min gamla funktion, det här är en ny som borde fungera bra i din kod. Meddela mig så att jag kan justera om det behövs.
public function setCategories($user_id)
{
$api = new ApiCategory($user_id);
$cats = $api->getCategories(); // retrieves structure above
$newCats = null;
self::recursiveCatTree($newCats, $cats);
$this->categories = $newCats;
$this->save(); // save the entire array of embedded documents
if($this->getErrors())
var_dump($this->getErrors);
}
public static function recursiveCatTree(&$result, $parent)
{
$children = $parent['children'];
//we unset the children so we dont have manually set every other variable
unset( $parent['children']);
$result = new Category();
$result->attributes = $parent;
//then loop the children, if no children it wont loop
// so it will just be an empty array
foreach($children as $child)
{
$baby = null;
self::recursiveCatTree($baby, $child);
$result->children[] = $baby;
}
}