Du behöver inte lagra mellanliggande filer, du kan skicka utdata från s3-filen till stdout och du kan få indata till mongoimport från stdin.
Ditt fullständiga kommando skulle se ut ungefär så här:
s3cmd get s3://<yourFilename> - | mongoimport -d <dbName> -c <collectionName>
notera - som säger skicka filen till stdout snarare än till ett filnamn.