Hur filtrerar man dokument baserat på en inbäddad array?

Du måste använda $elemMatch(projection) . Något som nedan borde fungera.

import static com.mongodb.client.model.Projections.elemMatch;

Bson filters = and(eq("userId", userId));
Bson projections = fields(elemMatch(ARRAY_FIELD_NAME, eq("id", id)), excludeId());