Det beror på vilken typ av uppdateringar du gör. Om dessa uppdateringar utökar ditt dokument (array-push eller liknande), ja, du kommer att ha en viss fragmentering. Uppdateringar på plats ($inc) orsakar inte att dokument flyttas (ingen fragmentering).
Det är förresten inte fragmentering i sig, utan snarare en del bortkastat utrymme. Det vill säga om dokumentet flyttas till en ny plats kommer dess gamla plats inte att återanvändas.