Du behöver inte fly så mycket. Du kan bara använda ett citattecken utanför frågan och dubbelt citattecken inuti, dvs. men akta dig för att ha typen som hex, vilket betyder "03" och inte "3"
mongodump --host localhost --db test --collection bd --query
'{"_id" : { "$binary" : "ryBRQ+Px0kGRsZofJhHgqg==", "$type" : "03" } }'