Detta borde göra susen:
db.lists.update(
{},
{ $pull: {"items": {"_id" :ObjectId("5399e2cc2d7b0349d89d2b44") }},
{ multi: true }})
För varje dokument i samlingen ({} betyder tom fråga), tar den bort varje objekt med det angivna _id (i items array). Utan multi alternativet, bara det första dokumentet som hittas kommer att påverkas