Edit:För din information:efter att ha sökt i två dagar i sträck utan att hitta ett svar skapade jag en biljett för en möjlig bugg på Mongoose.js Github och de bekräftade mitt problem. Enligt dem är det fixat i den nya versionskandidaten 4.0.0 , som inte rekommenderas för produktiv användning. At löste faktiskt mitt problem, men rc1 gjorde ännu fler problem.
Min lösning hittills:
Till slut blev jag så irriterad över det här felet att jag ändrade hela min kumulering av den tabellen så att _id har inte ett separat from_node_id fält. Jag använder from_node_id nu som ID direkt.