Om du kunde lägga upp ett exempel på två versioner av samma funktion som du vill jämföra så skulle jag kunna ge dig en bättre förklaring, men eftersom du inte gav något exempel kan jag bara tala generellt.
Några av skillnaderna beror på att Mongo-skalet kör allt sekventiellt. I Node måste du använda callbacks eller löften för flödeskontroll, vilket du inte gör i Mongo-skalet.
Det finns också vissa skillnader i hur du kommer åt samlingarna. I Mongo-skalet använder du vanligtvis db.collectionName .
Även i Mongo-skalet har du vissa saker fördefinierade, som funktioner relaterade till objekt-ID till exempel.
Och slutligen använder Mongo BSON för data och i Node använder du JavaScript-objektliterals (mer som JSON men mindre strikt).
Node använder V8 plus ytterligare funktionalitet och Mongo shell använder SpiderMonkey, utan funktionalitet som är tillgänglig i Node.
Allt har konsekvenser i subtila skillnader.
För mer information se: