Det finns en bugg för detta problem:https://jira.mongodb.org/browse/ SERVER-13735
Liknande problem, en giltig GeoJSON skickas in för ett 2dsphere-index och orsakar meddelandet "Kan inte extrahera geonycklar från objekt, felaktig geometri?" fel.
Det har förekommit en rad tidigare buggar där giltig GeoJSON orsakade detta felmeddelande. De har fixat dem i 2.6.x men det här verkar vara en ny. Jag skulle höra av mig till JIRA eftersom det kommer att hjälpa till att få det prioriterat för en fix.