Jag hade samma problem med mongo 3.0.0 och 3.1.9 med relativt liten databas (12 GB).
Efter att ha slösat bort ungefär fyra timmars tid på detta hittade jag en lösning med dolda parameter
mongorestore --batchSize=10
där antalet varierar beroende på din datas karaktär. Börja med 1000.