Hur anger jag kriterier för att utesluta dokument från en fråga?

Du skulle behöva tillämpa boolesk logik för att invertera OCH till ett ELLER för negationen av varje term individuellt:

collection.find({$or: [{age: {$gte: maxAge}}, {gender: {$ne: 'female'}}]})

eller

collection.find({$or: [{age: {$not: {$lt: maxAge}}}, {gender: {$ne: 'female'}}]})