Jag stötte precis på ett liknande problem i min kod. För min del hade jag att göra med ett objekt i mitt användardokument. Jag var tvungen att köra en user.markModified('object') före user.save() för att säkerställa att ändringarna sparades i databasen. Min körningsteori är att Mongoose inte spårade objekt avaktiverade eller togs bort från databasen automatiskt
