Jag kan verkligen återskapa detta. Använder ett unikt index för 2dsphere är inget som jag tycker att man borde stödja. Upplösningen på indexet är inte tillräckligt hög för att se att dina två punkter inte är samma. Vår implementering av S2-indexet använder bara "celler" med minsta sida 500m och dina punkter är cirka 65 meter från varandra.
Det finns en fascinerande presentation på https://docs .google.com/presentation/d/1Hl4KapfAENAOf4gv-pSngKwvS_jwNVHRPZTTDzXXn6Q/view#slide=id.i0 som förklarar hur indexet fungerar.
För närvarande tror jag dock inte att det finns en lösning på ditt problem men jag ska göra lite mer undersökning.