Ja, du kan använda maxTimeMS med pymongo-aggregation.
c.foo.bar.aggregate([], maxTimeMS=1000)
{u'ok': 1.0, u'result': []}
Om du vill ha en markör:
for result in c.foo.bar.aggregate([], cursor={}, maxTimeMS=1000):
... print result
Det aggregerade kommandot stödde inte markörer före MongoDB 2.6 så det måste läggas till som ett alternativ för att undvika att gå sönder befintliga applikationer.