Eftersom den här frågan hittar dokumentet i skalet:
db.getCollection('stories').find({_id:'572f16439c0d3ffe0bc084a4'})
Det betyder att typen av _id i dokumentet är faktiskt en sträng, inte ett ObjectId som Mongoose väntar.
För att hitta det dokumentet med Mongoose, måste du definiera _id i schemat för Story som:
_id: { type: String }