När du gör en första synkronisering från början på en sekundär, skriver den all data färsk. Detta tar bort utfyllnad, tomt utrymme (raderade data) etc. Som ett resultat liknar det i det avseendet att utföra en reparation.
Om du körde en reparation på den primära (blockerande operation, bara att göra om det är absolut nödvändigt), så skulle de två vara mycket närmare totalt sett.
Om du kontrollerar utdata från db.stats() du bör se att de olika databaserna har samma objektantal, skillnaderna i datakatalogstorlek är inget att oroa sig för.