Jag antar att ditt problem är att bara ett dokument uppdateras, eller hur? Om så är fallet finns det en annan inställning du måste ange i den tredje parametern (parametern options) för uppdateringsmetoden:
multiple => true
Annars kommer den bara att uppdatera den första matchningen av din fråga. Se dokumentationen till uppdateringsmetoden på:
http://de.php.net/manual/en/mongocollection.update .php