Du var faktiskt ganska nära lösningen, allt du behöver för att använda detta när du skapar index :
partialFilterExpression: { serialNr: {$exists:true} }
Se till att ha minst 3.2-versionen av mongo
Exempel:
db.col.createIndex({a:1, b:1},{unique:true, partialFilterExpression: { a: {$exists:true} })
db.col.save({a:50, b:27}) //pass
db.col.save({a:50, b:27}) //fails
db.col.save({b:27}) //pass
db.col.save({b:27}) //pass
db.col.save({b:27}) //pass
db.col.save({a:50, b:27}) //fails
db.col.save({a:50}) //pass
db.col.save({a:50}) //fails
PS:Du kanske kan göra lite "hack" och använda detta:partialFilterExpression: { serialNr: {$exists:true}, serialNr: {$gte:0} }
Jag försökte använda $ne, men det gav mig ett fel.