Det finns ingen speciell anläggning för det. En sak du kan göra är att köra en del av den koden i mongo-skalet, som kan köra exakt samma javascript som servern. Skalet har ingen debugger men med sin interaktiva prompt skulle det vara mycket lättare att prova saker, inspektera variabler etc.
Personligen skulle jag inte nödvändigtvis rekommendera att flytta kod till servern. Notera att det är möjligt att skicka flera skrivoperationer (som infogningar) i rad och sedan efter att ha skickat flera be om en enda bekräftelse. Det scenariot är alltså inte nödvändigtvis långsamt även om det finns en icke-trivial nätverkslatens.
Alternativt kan du köra C#-kod på samma server som mongod-processen och därigenom få extremt låg latens vid vändningar av förfrågningar. Ett sätt att göra det skulle vara att skapa en webbserver som är skriven i C# och kapslar in logiken som föreslagits ovan.