En snabb grep av källträdet verkar indikera att unika index bara används vid infogning, så det borde inte finnas någon prestandafördel eller nackdel mellan en fråga som returnerar ett dokument, oavsett om indexet är unikt eller inte.
MongoDB-index är implementerade som bträd, så det skulle inte vara logiskt för dem att fungera annorlunda oavsett om indexet är unikt eller inte.