Kom på vad problemet var. I MongoEngine "anslut" metoden, replikuppsättningen parametern måste anges enligt följande:
connect(db = "my_db", replicaSet = "my_replica_set_name", host = "hostname", port = "port_number")
Syntaxen för läspreferensen är korrekt enligt ovan. Skickar in replikuppsättningen parametern fick det att fungera.