Behöver du uppdatera trädets struktur (dvs. flytta en tagg till en annan förälder)? Om det är möjligt skulle det inbäddade tillvägagångssättet bli svårt, och det relationella/normaliserade tillvägagångssättet är mer vettigt.
Jag skulle förmodligen lagra själva taggarna i dokumentet (inbäddade), men om det finns någon chans att jag behöver flytta runt trädnoder online, så skulle jag lagra hierarkin i ett annat dokument. Förfrågningar behöver inte vara långsamma om du först plattar ut sökfrågan (enligt det aktuella trädet) och sedan söker efter dessa taggar. Det här tillvägagångssättet kan förmodligen inte skalas för bra om den tillplattade sökfrågan slutar med hundratals taggar i dem (hur högt är ditt träd?).
Om taggar inte kan flyttas till nya föräldrar (eller bara av dig, under schemalagt underhåll), fortsätt och bädda in hela hierarkin.