Hur man åtgärdar för många öppna filer när man samlar ihop miljarder poster

Det finns inget rent svar för detta eftersom du gör något mycket tungt men en lösning finns tillgänglig

ulimit är kommando i unix/linux som gör det möjligt att ställa in systemgränser för alla egenskaper.

i ditt fall behöver du öka max. Nej. av öppna filer räknas eller gör det obegränsat på en säkrare sida (det rekommenderas också av MongoDB)

ulimit -n <large value in your case 1000000>

or 

sysctl -w fs.file-max=1000000

and

/etc/security/limits.conf or /etc/sysctl.conf:
change 

fs.file-max = 1000000