Hur grupperar jag en fråga med flera $cond?

Du vill använda ett sammansatt uttryck inuti {$cond:[]} - något i stil med:

collection.aggregate(
    { 
        $match : { 
            '_id' : {$in:ids}
        } 
    },
    {
        $group: {
            _id: '$someField',
            ...
            count: {$sum: { $cond: [ {$and : [ { $eq: [ "$otherField", false] },
                                               { $eq: [ "$anotherField","value"] }
                                     ] },
                                     1,
                                     0 ] }}
        }
    },
    function(err, result){
        ...
    }
);

$and operatör finns dokumenterat här:http://docs.mongodb.org/ manual/reference/operator/aggregation/#boolean-operators