Det felet betyder att du försöker använda ett fältnamn som är ogiltigt i MongoDB -- det skulle antingen vara ett fältnamn med en punkt ("".") i eller ett fältnamn som innehåller ett dollartecken.
$set används för att ersätta ett fält i sin helhet, så det du har ovan är att säga "ersätt innehållet i commitCount fältet med dokumentet {$add: ['$commitCount', 1]} ", vilket är ett ogiltigt dokument.
För att atomiskt öka eller minska ett fälts värde (förutsatt att fältets nuvarande värde är ett tal) använd $inc modifierare:
db.deal.update({dealId: 201}, {$inc: {commitCount: 1}})