Försök med $unset i ett anrop till update() .
Så här:
db.collection_name.update({ _id: 1234 }, { $unset : { description : 1} })
Och, som vikneshwar kommenterade, om du vill ta bort ett fält från alla (eller flera) dokument kan du använda updateMany() så här:
db.collection_name.updateMany({}, { $unset : { description : 1} })