Ja, du kan få listan över befintliga databaser. Från Java-drivrutinen kan du göra något liknande för att få databasnamnen på en mongod server som körs på localhost
Mongo mongo = new Mongo( "127.0.0.1", 27017 );
List<String> databaseNames = mongo.getDatabaseNames();
Detta motsvarar kommandot mongo-skalet "show dbs". Jag är säker på att liknande metoder finns i alla drivrutiner.