Det här är frågan du måste använda:
db.collection.update( { "Queries.Results.id":1 }, { $pull: { "Queries.$.Results": {"id":1} } } )
Du måste ange "where"-satsen för att hitta dokumentet som ska uppdateras. Du saknar också positionsoperatorn $, du måste använda den eftersom frågor kan ha flera resultat.