mongoose.Types.ObjectId är ObjectId konstruktorfunktion, det du vill använda i schemadefinitioner är mongoose.Schema.Types.ObjectId (eller mongoose.Schema.ObjectId ).
Alltså deviceSchema ska se ut så här istället:
var deviceSchema = schema({
name : String,
type : String,
room: {type: mongoose.Schema.Types.ObjectId, ref: 'Room'},
users: [{type:mongoose.Schema.Types.ObjectId, ref: 'User'}]
});