Uppdatera arrayobjekt baserat på id?

Du kan använda $ positionsoperatör för att göra detta:

db.soup.update(
    {_id: ObjectId("50b429ba0e27b508d854483e"), 'array.id': '2'}, 
    {$set: {'array.$.letter': 'c'}})

$ i uppdateringsobjektet fungerar som en platshållare för det första elementet i array för att matcha frågeväljaren.