Du måste anropa mongoose.disconnect() för att stänga anslutningen, men du måste också vänta tills alla save samtal har slutfört sitt asynkroniseringsarbete (d.v.s. ringt tillbaka uppringningen) innan de gjorde det.
Så håll antingen en enkel räkning av hur många som fortfarande är utestående för att hålla reda på eller använd ett ramverk för flödeskontroll som async att göra något lite mer elegant.