Att lagra enum-värden i MongoDB som strängar är helt okej, och ja, om du indexerar fältet skulle jag förvänta mig att prestandan är jämförbar med indexerade heltalsfrågor. Det är verkligen mer uttrycksfullt än att använda heltal.
Den enda verkliga nackdelen är att de tar mer plats om dina enum-strängar är något långa, men det är en ganska trivial oro.