Det jag har sett gjort och det jag använder för närvarande är inbäddade arrayer med nod-id:n i varje dokument.
Så dokumentanvändare1 har egenskapsgrupper:[id1,id2]
Och dokumentgrupp1 har egenskapsanvändare:[användare1]. Dokumentgrupp2 har också egenskapsanvändare:[användare1].
På så sätt får du ett gruppobjekt och väljer enkelt alla relaterade användare, och samma sak för användaren.
Detta kräver lite mer arbete när du skapar och uppdaterar objektet. När du säger att 2 objekt är relaterade måste du uppdatera båda objekten.
Det finns också ett koncept DBReferences i MongoDB och beroende på din drivrutin kommer det att hämta refererade objekt automatiskt när ett dokument hämtas.
http://www.mongodb.org/display/DOCS/Database+References#DatabaseReferences-DBRef