mysqlimport cmdline-tool har stöd för import av csv-filer, och IIRC stöder mappning av olika kolumner i csv till olika kolumner i din tabell.
http://linux.die.net/man/1/mysqlimport
Jag inser att det bara är en cmd-line wrapper till LOAD DATA INFILE sql-satsen, som kan användas istället.
Om du behöver omorganisera data kan du bara importera csv-plattan till en motsvarande tabell och därifrån infoga ... välj från