I Php finns en funktion som heter nl2br
echo nl2br("hello\nWorld");
och resultatet är
hello<br/>World
I sql finns en funktion som heter REPLACE
UPDATE yourtable SET field=REPLACE(REPLACE(field, CHAR(13), ''), CHAR(10), '')
Och slutligen i javaScript har du replace
också
myString = myString.replace(/\r?\n/g, "");
Lycka till