Problemet verkade vara i MySQL:s phpmyadmin-konfigurationsfil PersistentConnections inställd på FALSE vilket resulterade i en ny CONNECTION_ID varje gång en fråga utfärdades - renderar därför SELECT LAST_INSERT_ID() ineffektivt.
mer information i det efterföljande ämnet Varje fråga skapar en ny CONNECTION_ID()
Tack också dnagirl för hjälp