Jag använder NestedSet för att lagra ACL-hierarkin och cachen för att påskynda saker och ting.
Doctrine ORM för PHP - NestedSet
Här är ett inlägg som också kan vara användbart:
Zend_Acl del 3:skapa och lagra dynamiska ACL:er | CodeUtopia - Jani Hartikainen blogg
(ta en titt på de två föregående delarna också).