vad jag skulle göra är att dela upp dem
data :
{
sort1:$('#sortable1').sortable('serialize'),
sort2:$('#sortable2').sortable('serialize')
}
sedan när du postar kan du få begäran och ställa in dem efter behov, jag hoppas att det är vettigt
så det jag gör är detta
parse_str($_REQUEST['sort1'],$sort1);
foreach($sort1 as $key=>$value){
//do sutff;
}