Efter lite mer sökning hittade jag följande länk som tyder på att det är ett MySQL-fel:https://groups.google.com/forum/#!topic/sqlalchemy/ajYLEuhEB9k
Tack och lov, inaktivera supports_san_multi_rowcount hjälpte!
engine = engine_from_config(settings, 'sqlalchemy.')
engine.dialect.supports_sane_rowcount = engine.dialect.supports_sane_multi_rowcount = False
Bra nog för mig nu. Här är en annan intressant resurser som jag hittade längs vägen med att hantera postgresql:https://bitbucket.org/zzzeek/sqlalchemy/issue/3015/deletes-executed-twice-when-using