Utöver kommentarerna hittade jag en annan orsak som kan orsaka problemet, att inga scheman är listade:
Jag stöter på detta när jag försöker ansluta till en annan databas med andra scheman än tidigare.
Gå till Projekt -> Egenskaper -> JPA och inaktivera/avmarkera Åsidosätt standardschema från anslutning
Om det finns ett schema valt som inte finns i den valda databasen, kommer inga scheman att visas när entiteter skapas. För mig var problemet att Eclipse försökte visa ett schema från databasen tidigare.