Nej, mysqli_query kommer inte automatiskt att ändra isoleringsnivån. Att ansluta via mysqli är på många sätt precis som att ansluta via mysql cli. I båda fallen får du standardisoleringsnivån. Och precis som cli kan mysqli inte göra några antaganden om vilka uttalanden som kommer att komma genom anslutningen.
Hur som helst, om du har några goda skäl att oroa dig för isoleringsnivån, tycker jag att du bara ska ställa in den uttryckligen, t.ex.:
$mysqli_connection->query("SET TRANSACTION ISOLATION LEVEL READ UNCOMMITTED");
På så sätt kan du säkerställa att du har den isoleringsnivå du vill ha, och du kan kommentera dina skäl i koden.