Du har rätt, du kan inte kalla ut ditt alias i WHERE eller HAVING-satserna, men förutom det är jag inte säker på vad du menar; GROUP BY och HAVING är avsedda att användas tillsammans:
SELECT a.ID, sum(b.Qty*b.Price) AS Subtotal
FROM tbl_One AS a
LEFT JOIN tbl_Two AS b ON b.TwoID = a.ID
GROUP BY a.ID
HAVING sum(b.Qty*b.Price) > 100 AND sum(b.Qty*b.Price) < 200