Istället för att försöka ta bort det du inte behöver, försök att se det som ett problem där du vill välja de du vill ha och ignorera resten; som så:
CREATE TABLE `other_table` LIKE `part3`;
INSERT INTO `other_table`
SELECT `part3`.*
FROM (SELECT gtu, region, trait, pop, author, risk, MAX(zvalue) AS max_zval
FROM `part3`
GROUP BY gtu, region, trait, pop, author, risk
) `tmp`
INNER JOIN `part3` USING (gtu, region, trait, pop, author, risk)
WHERE `part3`.zvalue = `tmp`.max_zval;
Det borde skapa en tabell other_table
som uppfyller den unika begränsningen i dina data; endast raderna med det högsta zvalue
behålls, de andra tas bort (hoppas över).